Ředitel - Mgr. Jan Čuřín
- Bezpečnostní ředitel - Mgr. Jan Bechyně
- Odbor bezpečnostní - ředitel odboru Mgr. Jan Bechyně
- Odbor kancelář ředitele úřadu - ředitelka odboru Mgr. Dagmar Urbancová
- Oddělení opravných prostředků - vedoucí oddělení Mgr. Kateřina Kudláčková
- Oddělení mezinárodní spolupráce - vedoucí oddělení Mgr. Barbora Loudová
- Interní audit
- Sekretariát ředitele úřadu - Eva Kalabisová
- Pracovník vztahů k veřejnosti - Milan Radosta, DiS.
- Pověřenec pro ochranu osobních údajů - Mgr. Petr Vincenz
Sekce bezpečnostního řízení - 1. náměstek ředitele Mgr. Martin Vála
- Odbor průmyslové bezpečnosti - ředitel odboru Mgr. Aleš Hudec, LL.M.
- Odbor evidenčního šetření a podpory - ředitelka odboru Ing. Nikol Pitoňáková
- 1. odbor personální bezpečnosti - ředitel odboru Mgr. Pavel Hubka
- 2. odbor personální bezpečnosti - ředitel odboru PhDr. Jiří Bašta, Ph.D.
- Odbor specializovaných činností - ředitel odboru Ing. Tomáš Labounek
Sekce kontroly a metodiky - náměstkyně ředitele Mgr. Lenka Zahradnická
- Odbor administrativní bezpečnosti - ředitelka odboru Ing. Markéta Blatská
- Odbor právní a legislativní - ředitel odboru Mgr. Jiří Malý
- Odbor kontroly a fyzické bezpečnosti
- Archiv Národního bezpečnostního úřadu
Sekce provozně ekonomická – náměstkyně ředitele Ing. Monika Zahálková
- Odbor provozně ekonomický - ředitel odboru Ing. Filip Major
- Odbor komunikačních a informačních systémů - ředitel odboru Ing. Milan Soldát
- Oddělení správy a provozu motorových vozidel - vedoucí oddělení Ing. Mgr. Petr Nulíček
